Category: наука

Category was added automatically. Read all entries about "наука".

  • mns2012

Содержание


Основные понятия


  1. Введение: о чём этот блог

  2. Биосемиотика: Основные понятия

  3. Дизайн-распознавание (Intelligent Design, ID): Основные понятия

  4. Гипотеза дизайна и её возможная фальсификация

  5. Примеры семиотических и несемиотических систем

  6. Физический смысл формулы Хейзена для измерения количества функциональной информации

  7. Что такое сложная биофункция

  8. Примеры принципиально тестируемых предсказаний, сделанных на основе гипотезы дизайна биосферы

  9. Самое основное о статистической значимости

Биосемиотика


Гипотеза дизайна биосферы


Происхождение жизни


Проблемы биологической эволюции и её моделирования


Искусственный интеллект и искусственная жизнь


Дебаты знаменитостей, выступления


Философия проблем научного описания происхождения жизни и эволюции


Основы теории дизайна: конспект книги Del Ratzsch "Nature, Design and Science: The Status of Design in Natural Science"


Разное


При перепосте просьба ссылаться на этот блог.
  • mns2012

Дублирование генов - всё?

Здесь.

Abstract

Evolutionary constraints may significantly bias phenotypic change, while “breaking” from such constraints can lead to expanded ecological opportunity. Ray-finned fishes have broken functional constraints by developing two jaws (oral-pharyngeal), decoupling prey capture (oral jaw) from processing (pharyngeal jaw). It is hypothesized that the oral and pharyngeal jaws represent independent evolutionary modules and this facilitated diversification in feeding architectures. Here we test this hypothesis in African cichlids. Contrary to our expectation, we find integration between jaws at multiple evolutionary levels. Next, we document integration at the genetic level, and identify a candidate gene, smad7, within a pleiotropic locus for oral and pharyngeal jaw shape that exhibits correlated expression between the two tissues. Collectively, our data show that African cichlid evolutionary success has occurred within the context of a coupled jaw system, an attribute that may be driving adaptive evolution in this iconic group by facilitating rapid shifts between foraging habitats, providing an advantage in a stochastic environment such as the East African Rift-Valley.

Ну, конечно, contrary to our expectations. А как же ещё?
  • mns2012

Почему я считаю, что последовательный материализм - тормоз научной мысли

Когда-то давно я уже высказывался на этот счёт. Тем не менее, повторю.

Иногда говорят, что наука атеистична в том смысле, что она не занимается духовными вопросами. Такой взгляд я встречал вот здесь:

http://www.nsad.ru/articles/veroyatnost-chuda

Вся современная наука совершенно атеистична, и, по-моему, это правильно, потому что Бог настолько сложен для нас, что мы Его рационально познать не можем, а наука должна оперировать ясными категориями, которые мы понимаем. В таких категориях, я думаю, Бога просто не описать.

Профессор мат. логики и теории алгоритмов МГУ Н.К.Верещагин

С этим можно согласиться лишь отчасти. Первый момент: Бог прост, а не сложен, однако Он превыше нашего рационального постижения. Но дело ещё и в том, что для продвижения науки мы должны исходить из таких положений, которые ведут к плодотворным, с точки зрения науки, результатам. Да, наука не оперирует духовными категориями, однако в само основание науки заложены положения, согласные с верой в Творца мира.

В самом деле, что приведёт к более плодотворной научной повестке:

- утверждение о том, что наш мир возник без причины, или
- утверждение о том, что мир был разумно создан Творцом?

Если нет никакой причины бытия мира, тогда почему вообще наука работает? Потому что так уж получилось? Потому что мы вытащили счастливый билет космической лотереи? Или потому что в само мироздание заложено разумное основание: если вселенная сотворена разумно, то разумом же она может быть познана (хотя бы отчасти), а её поведение научно описано, что включает научный прогноз?

Если человек - побочный продукт случайности, то на каком основании мы доверяем выводам собственного рассудка? Почему существует нечто, а не ничто?

На все эти вопросы адекватно отвечает лишь картина реальности, в которой есть Создатель. Достижения науки имеют место не благодаря атеистической картине, а вопреки ей: то есть когда исследователи в своей деятельности де-факто исходят из положений теизма, быть может, не всегда отдавая себе в этом отчёт. Однако последовательный атеизм, безусловно, является тормозом научной мысли.

В том, что касается вопросов, рассматриваемых в моём журнале, это видно хотя бы по истории с "мусорной" ДНК. Согласно предположениям натуралистов, сторонников теории эволюции Дарвина, геном живого существа должен отражать многомиллионнолетний процесс построения целого из частей "снизу вверх" методом проб и ошибок. Ожидалось, что в геноме будет множество ненужного "мусора", оставшегося от предыдущих эволюционных итераций. Как торжествовали эволюционисты, когда обнаружилось, что, в геноме существуют не кодирующие белок участки. Однако по мере продвижения науки приходило понимание того, что эти участки служат для организации процесса синтеза белка. Теперь же о самом понятии генетического "мусора" в ДНК как-то не принято вспоминать. Что называется, проехали...

Ещё один важный для нас пример - возникновение транслятора биологической информации. Из самой сути того, что такое трансляция, казалось бы, должно быть ясно, что эволюционного пути к транслятору не было и быть не могло. Тем не менее, бесперспективность поиска натуралистического ответа на этот вопрос очевидна далеко не всем учёным. И всё же, при сложившейся в философии науки ситуации преобладания натурализма удивляться скорее приходится тому, что такие учёные вообще находятся. Например, биолог Евгений Кунин. Значит, не всё ещё потеряно.
  • mns2012

Интересная статья и обсуждение

https://uncommondescent.com/intelligent-design/how-engineering-destroys-faith-in-darwinism

Я всегда так и полагал: технарь, как правило, лучше видит нестыковки и дырки в аргументации биологов сторонников эволюционной парадигмы, чем сами эти биологи. И дело не в том, кто там более заносчив. Без информатики и других технических дисциплин биология так и оставалась бы описательной наукой, какой она и была при Дарвине. Материализм является реальным тормозом науки вообще, и в данном случае биологии. Наука начинается с правильно заданного вопроса. А эволюционисту задавать вопросы запрещено...

GPuccio: Ответ на возражение об уровнях функции

Это вторая часть статьи Giuseppe Puccio, посвященная ответам на распространённые аргументы против теории распознавания дизайна. Перевод и редактура мои – mns2012

Возражение о возможных уровнях функции

Известно, что биологическая функция допускает уровни и может "включаться" или "выключаться" постепенно от 0 до 100%. Возражение против ID, связанное с возможностью учёта изменения уровня функции при формулировании спецификации, состоит в том, что ID якобы содержит так наз. ошибку настоящего шотландца. Некто утверждает, что настоящий шотландец ест овсянку только без сахара. Для опровержения этого утверждения мы находим шотландца, который ест овсянку с сахаром. Однако наш оппонент не унимается и переносит логическое ударение в своём утверждении на слово "настоящий". Конечно, ведь мы нашли не настоящего шотландца, - говорит он. То есть налицо манипуляция определением, использованным в общем утверждении.

Это возражение относительно ID один оппонент по прозвищу DNA_Jock подытожил следующим образом:

Я ещё не видел, – говорит он, – чтобы ID-шник предложил бы пост-фактум спецификацию функции так, чтобы в этом не было логического изъяна. Скажу только, что нужно быть очень очень очень осторожным с пост-фактум спецификацией события, которое ты уже наблюдал, с тем, чтобы корректно вычислить вероятность этого события. В принципе, возможно сколько угодно уменьшать вероятность до нуля путём сколь угодно большего уточнения спецификации.

Collapse )

Giuseppe Puccio: Ошибки техасского стрелка нет в теории ID


  • Автор: Giuseppe Puccio, оригинальная статья здесь. Перевод и редактура мои — mns2012.


Преамбула

Напомню вкратце, что нам интересен вопрос, можно ли и, если да, то при каких условиях, распознать, что та или иная конфигурация материи в некоторой изучаемой нами системе имеет интеллектуальное происхождение, или, попросту говоря, была целенаправлена создана. Мы будем говорить, что такие конфигурации являются дизайнами. Теория распознавания дизайна (Intelligent Design, ID) утверждает, что это возможно, если количество функциональной информации, ассоциированной с рассматриваемой конфигурацией материи, превышает пороговое для данной системы. С понятием функциональной информации связано понятие функции. Функция может быть различной: например, способность белка вступать в химическое взаимодействие c ферментом или преобразование химической энергии топлива в механическую энергию движения коленчатого вала двигателя внутреннего сгорания. Конфигурации материи могут быть самыми различными: от двигателя внутреннего сгорания, шариковой ручки или персонального компьютера до белка, органа, ткани и систем органов.

Пороговые значения функциональной информации вычисляются независимо; они различны для различных систем. Методология вычисления пороговых значений сводится к оценке максимально возможного числа неинтеллектуальных взаимодействий между компонентами системы за время её жизни. Например, взаимодействием в рамках популяции живых организмов может рассматриваться репликация генома или событие размножения на протяжении жизни популяции, а при рассмотрении двигателя внутреннего сгорания в качестве взаимодействий могло бы выступать взаимное расположение его деталей в процессе сборки. Максимально возможному числу взаимодействий в системе соответствует характеристическая пороговая вероятность неинтеллектуального события, или в пересчёте на биты пороговое количество функциональной информации, которое может реализоваться в системе неинтеллектуально.

Таким образом, если количество функциональной информации в интересующей нас конфигурации материи превышает пороговое для данной системы, то можно утверждать, что конфигурация имеет интеллектуальное происхождение и представляет собой дизайн. В этом случае говорят, что конфигурация функционально сложна. В случае относительно простых конфигураций утверждать этого нельзя, сама конфигурация может и не оказаться интеллектуально созданной, и для вывода о её происхождении требуется дополнительная информация.

Особо подчеркну, что распознавание дизайна является статистическим методом, поэтому на практике ведётся разговор о статистической значимости, ложных положительных и ложных отрицательных результатах, p-values, нулевых и альтернативных гипотезах и пр. И это нормально. Ложным отрицательным результатом является вывод о том, что данная конфигурация не дизайн, хотя в действительности им является. Ложным положительным результатом, напротив, является вывод о том, что конфигурация является дизайном, тогда как на самом деле это не так. Понятно, что число ложных положительных и ложных отрицательных результатов зависит от корректности оценки пороговых значений количества функциональной информации: неоправданно завышенные оценки будут приводить к уменьшению чувствительности метода распознавания и появлению большого числа ложных отрицательных результатов, а занижение оценок ниже допустимого корректного значения повлечёт появление ложных положительных результатов, чего допускать нельзя, если мы хотим получать корректные выводы.

Цель статьи

Целью этой статьи является детальный ответ на несколько связанных друг с другом популярных аргументов против распознавания дизайна:

a) теория ID содержит логическую ошибку техасского стрелка (когда мишень рисуется после выстрела так, чтобы яблочко совпадало с пулевым отверстием);
б) возражение о том, что поскольку биофункция имеет уровни, рассуждения о дизайне функции неверны;
в) возражение о возможных альтернативных целевых состояниях, а также о том, что так как просмотр всего пространства состояний не требуется, вероятность нахождения функции эволюционным путём не является неприемлемо малой и не выходит за рамки статистического правдоподобия.

Все эти вопросы связаны с проблемой корректности выводов о дизайне биологической функции. Рассмотрим их по порядку. Для удобства и большей читабельности я разобью статью на четыре записки. Это первая из четырёх.

Что такое ошибка техасского стрелка и почему распознавание дизайна свободно от этой ошибки

RationalWiki о логической ошибке техасского стрелка (ОТС) сообщает следующее*:

Collapse )

Продолжение:

Физический смысл формулы Хейзена

Общие соображения

Предположим, у нас есть некоторая система, состоящая из ограниченного числа компонентов. Предположим также, что наша система может принимать состояния из заданного дискретного набора. Без потери общности будем считать, что определенное состояние отвечает определенному взаимному расположению компонентов системы. Пространством состояний в этом случае является пространство возможных взаимных расположений компонентов. На практике это число обычно очень велико. Понятно, что оно (супер)-экспоненциально возрастает с увеличением числа компонентов системы. Для иллюстрации достаточно вспомнить, что число перестановок n элементов некоторого множества составляет n! Далее, отметим, что часть состояний нашей системы может отвечать определенной функции, реализуемой только при тех или иных взаимных расположениях её компонентов. Взаимное расположение компонентов системы, отвечающее функции, называется организацией. С точки зрения физики, организация не что иное, как граничные условия на динамику градиентов вещества и энергии в системе.

Collapse )

Закрытый клуб фантазёров за государственный счёт

Ув. френд опубликовал запись с цитатами очередного чудика о том, что математика -- источник реальности, ни больше ни меньше.

Я уже писал по этому вопросу здесь:

https://biosemiotics.livejournal.com/57182.html

Продолжение здесь: https://biosemiotics.livejournal.com/57182.html

и здесь: https://biosemiotics.livejournal.com/57770.html

Цитаты профессиональных биологов об их любимом детище -- эволюции

[В]еликий биолог Луи Пастер писал: «Идеи превращения видов так легко воспринимаются, может быть, потому, что освобождают от строгого экспериментирования»… Многие удивятся: разве эффективность отбора не доказана всей биологией? Я тоже 40 лет назад полагал, что доказана, – пока читал учебники. И даже поставил 35 лет назад компьютерный эксперимент, чтобы уточнить кое-какие детали вполне очевидной мне теории. Правда, компьютер …отказался подтверждать эффективность отбора, но я решил, что просто не так что-то задал. Пришлось зарыться в литературу, чтобы понять, где именно ошибка. Тут-то и выяснилось, что опытов поставлено на удивление мало, и все они истолкованы по той же схеме, что опыты Тинбергена, когда ответ задан заранее. Естественно, противники дарвинизма на это указывали, но без успеха. Тем самым, Пастер и ныне прав. Как уже давно заметил Любищев, такая ситуация характерна вовсе не для естествознания, а для философии, где противоположные учения сосуществуют тысячелетиями.

Чайковский Ю.В. Эволюция. (Вып. 22. М.: — Центр системных исследований – ИИЕТ РАН, 2003).

Цитату взял отсюда.

Одной цитаты мало? Прекрасно. Вот ещё цитата, причём не просто биолога, а специалиста именно по эволюционной теории:

"Darwinian evolutionary theory was my field of specialization in biology. Among other things, I wrote a textbook on the subject thirty years ago. Meanwhile, however I have become an apostate from Darwinian theory and have described it as part of modernism’s origination myth. Consequently, I certainly agree that biology students at least should have the opportunity to learn about the flaws and limits of Darwin’s theory while they are learning about the theory’s strongest claims."

Dr. Stanley Salthe, Professor Emeritus, Brooklyn College of the City University of New York.


Можно оспаривать представленную точку зрения (желательно с цифрами в руках), но нельзя сказать, что это мнение неспециалистов. Что-то с эволюцией не так, согласитесь...

Ещё непримиримые (более 20 страниц подписей). При желании "загнать под лавку", конечно, можно и их. Такие методы уже применялись. Но вот беда: проблему так не решишь.