Category: животные

Category was added automatically. Read all entries about "животные".

  • mns2012

Содержание


Основные понятия


  1. Введение: о чём этот блог

  2. Биосемиотика: Основные понятия

  3. Дизайн-распознавание (Intelligent Design, ID): Основные понятия

  4. Гипотеза дизайна и её возможная фальсификация

  5. Примеры семиотических и несемиотических систем

  6. Физический смысл формулы Хейзена для измерения количества функциональной информации

  7. Что такое сложная биофункция

  8. Примеры принципиально тестируемых предсказаний, сделанных на основе гипотезы дизайна биосферы

  9. Самое основное о статистической значимости

Биосемиотика


Гипотеза дизайна биосферы


Происхождение жизни


Проблемы биологической эволюции и её моделирования


Искусственный интеллект и искусственная жизнь


Дебаты знаменитостей, выступления


Философия проблем научного описания происхождения жизни и эволюции


Основы теории дизайна: конспект книги Del Ratzsch "Nature, Design and Science: The Status of Design in Natural Science"


Разное


При перепосте просьба ссылаться на этот блог.
  • mns2012

Один критик ID утверждал, что...

[Вообще-то, критик — это слишком громко сказано, но этот некто утверждал, что] кроме разума человека у нас в распоряжении ничего нет, а на основании якобы только анализа человеческой деятельности ничего определённого утверждать нельзя. Поэтому, де, повестка ID рассыпается, не собравшись...

Вот фрагмент фильма британского натуралиста Дэвида Эттенборо "Планета Земля", как раз на эту тему.



Бобры работают сообща над сооружением запруд и поддержкой их в рабочем состоянии, причем работа планируется на многие месяцы вперед, делаются запасы на зиму с учётом обледенения поверхности водоёма, учитываются соображения безопасности (попасть в хатку можно, только предварительно проплыв по воде и нырнув) и так далее.

94265860.jpg
Иллюстрация: источник

Однако что касается приведённого утвеждения о некорректности обобщения человеческого опыта, то даже если бы у нас не было примеров разумных действий животных, то и тогда мы бы имели полное право в точном соответствии с научным методом привлекать анализ человеческой деятельности для формулирования гипотез, моделирования и так далее. Возражения в стиле "неполная индукция не поможет" мне представляются очень слабыми и не выдерживающими серьёзной критики: на практике в большинстве случаев имеют дело как раз с неполной индукцией и ни у кого никаких комплексов по этому поводу не возникает.
  • mns2012

Профессор лингвистики Дж. Серл о человеческой речи

Кусок интервью, попавшийся мне случайно в ютубе. Перевод мой.


https://en.wikipedia.org/wiki/John_Searle

Профессор лингвистики Калифорнийского университета в Беркли John Searle о различиях между сигнальными системами животных и человеческой речью.

-- Большинство биологов неправы в том, что уподобляют человеческую речь сигнальной системе животных. Человеческая речь уникальна. Основными её характеристиками являются:

Репрезентация (representation) -- мы используем абстрактные понятия для обозначения чего-то, а не только указываем на непосредственный объект (как животные). О том же говорит и американский нейрохирург и сторонник дизайна Майкл Эгнор.

Композиция (composition) -- мы умеем выражать свои мысли составными предложениями нетривиальной синтаксической структуры.

Обязательство/долженствование (commitment) -- человек связывает себя обязательствами в соответствии с тем, что выражает языком. Мы определяем своё поведение в соответствии с тем, что мы высказываем.

И, наконец, с появлением письменной речи возникает не просто более развитое сообщество животных; возникает новый феномен: цивилизация. С письмом возникает возможность долженствования на больших интервалах времени. Письменная речь позволяет создавать длительные репрезентации. Прежде всего, это религиозные тексты, но также и другие культурные феномены: государство и право, экономика, образование и так далее.

Язык отличает человеческое общество от животных. Но также и письменность отличает примитивные человеческие общества от более развитых. Письменность позволяет достичь экспоненциального взрыва возможностей, предоставляемых языком, в смысле создания цивилизаций, которые, в свою очередь, формируют наше мышление. Без языка мы не могли бы выразить свои эмоции; есть целый ряд состояний и переживаний, которые были бы невозможны без письменности. Человек становится человеком в социуме, который невозможен без письменности.
  • mns2012

Несимметричность классификации по критерию функции

Так случилось, что я только что перечитывал вот этот обмен сообщениями с livelogic. А ещё случилось так, что я в данный момент работаю с бинарным классификатором изображений. Мне резко бросилась в глаза несимметричность классификатора, соответствующая несимметричности дизайн-распознавания, о которой мы говорили с livelogic (здесь и ниже). Конечно, это соответствие здесь неспроста: распознавание образов и распознавание дизайна в биологии -- это в принципе одно и то же. Под несимметрией я имею в виду вот что.

Предположим, что мне нужно научить модель отличать изображения кошек от изображений собак. На практике (без потери общности) на самом деле система учится распознавать кошек и не-кошек. В класс не-кошек поэтому попадают не только собаки, но и весь остальной окружающий мир за исключением, естественно, самих кошек. В дизайн-распознавании некоторой биологической функции f, которую можно представить функциональной строкой (скажем нуклеотидной или аминокислотной), происходит то же самое.

Поясню на примере. Пусть роль языка описания выполняет для наглядности великий и могучий русский язык. Рассмотрим знаменитое: "казнить нельзя помиловать". Если условиться, что наша функция f состоит в сообщении палачу казнить осуждённого, то функциональную информацию будет нести только строка "казнить, нельзя помиловать" (если, конечно, не принимать во внимание синонимичные строки с тем же смыслом, например, "казнить! нельзя помиловать"). В то же время, строка "казнить нельзя, помиловать" будет для нас в контексте f иметь такой же смысл, что и "не кочегары мы, не плотники" или даже "фывапролдже".

И в заключение скажу, что относительно нашей пенитенциарной функции f строка s = "казнить, нельзя помиловать" несёт функциональную информацию, а строка "казнить нельзя, помиловать" не несёт, хотя в обеих количество шенноновской информации одно и то же. Для подсчёта количества функциональной информации в s используется формула:

I_f(s) = - log (число функциональных строк / число всех возможных строк)

Если не учитывать синонимичные строки, то из расчёта 43 символов (русский алфавит + синтаксические символы) и длины строки s, равной 26, получим:

I_f(s) = - log (1 / 43^26) = 141.1 функциональных бит.

Кстати, это уже превышает скромные возможности биологической эволюции, так как пространство возможных строк очень велико и даже при всех благоприятных для эволюции предположениях времени на просмотр такого пространства по статистике эволюции не хватит. Статистика -- вещь упрямая.

См. также:

Рекомбинация в приложении к поиску функциональных белковых доменов

В прошлой записке я сделал ссылку на две заметочки по белковой тематике, посвященные проблемам, связанным с идеей мутационных рекомбинаций. Что имеется в виду? В некоторых источниках в процессе моделирования допускается, что в распоряжении эволюции имеется возможность рекомбинировать экзоны (белок-кодирующие участки геномов).

Collapse )

Игра в одни ворота: что приемлемо для SETI, неприемлемо для ID

Давайте сравним некогда популярную программу SETI = Search for Extraterrestrial Intelligence и то, что называется ID = Intelligent Design (в особенности, применительно к живым системам, но необязательно).

Для успешного распознавания дизайна по программе SETI поиска внеземных цивилизаций всего-навсего требуется установить наличие узкополосного сигнала в диапазоне частот между 1420 и 1720 мГц. Основанием для утверждения о том, что узкополосный сигнал в этом диапазоне, если таковой будет замечен нашими замечательными приборами (с), имеет искусственное происхождение, служат два обстоятельства:

  • то, что в естественном частотном фоне от звезд, пылевых облаков, экзопланет и пр. объектов, наблюдается дырка как раз между этими частотами (здесь).

  • естественные источники электромагнитных волн дают широкополосный спектр.

Всё просто: знай себе лови сигнал, измеряй его характеристики и — «пропадай нету», как говорил Дерсу Узала.

А теперь сравним это со строгостью условий на положительность дизайна в рамках методологии ID.

Для распознавания дизайна некоторого объекта Х, по логике ID, достаточно установить, что этот объект характеризуется относительно большим количеством функциональной информации. Пороговое количество функциональной информации, которое необходимо преодолеть для положительного теста на дизайн, определяется из расчета имеющихся вероятностных ресурсов (см. здесь и здесь). Вероятностные ресурсы определяются по максимальному числу возможных естественных взаимодействий определенного характера за время жизни некоторой системы, которая, по нулевой гипотезе об отсутствии участия интеллектуального агента в процессе появления объекта Х, могла явиться причиной появления Х.

Collapse )

Итак, почему в случае SETI условием положительного теста на дизайн является всего-навсего узкополосность радиосигнала в нужном диапазоне и это ни у кого из научных гуру возражений не вызывает, тогда как ID встречает сильное организованное сопротивление при том, что условием положительного теста на дизайн в ID является наличие столь большого количества функциональной сложности, что это по статистике исключает определяющее влияние неинтеллектуальных факторов? На мой взгляд, здесь явная необъективность: SETI мы принимаем, тогда как намного более строгий ID тест отвергаем. Почему?

Дело совсем не в науке, на мой взгляд. Дело в мировоззренческих установках большой части ученых, которые примут, если надо, что угодно, хоть зеленых человечков на астероидах, только не Бога как Творца мира и белков в том числе.

Что такое вероятностные ресурсы системы? Часть 2

Продолжение. Начало здесь.

Для удобства снова приведу иллюстрацию.

Neuron_migration.png
Рис.1: Сравнение гомологичности белков, ответственных за миграцию нейронов, у человека и др. организмов. Гомологичность белкам человека низка у беспозвоночных, однако резко возрастает, начиная с хрящевых рыб и сохраняется высокой для всех позвоночных. По степени гомологичности делается вывод о появлении у хрящевых рыб новой функции. Информационный скачок, сопровождающий это событие, многократно превышает пороговое значение 140 функциональных бит, достижимых эволюционным путём. Следовательно, данная новая функция представляет собой дизайн.


Collapse )

Что такое вероятностные ресурсы системы? Часть 1

Вероятностные ресурсы некоторой системы X -- это размер дискретного пространства П возможных её состояний, то есть |П|. Это мера, отражающая то, что может потенциально реализоваться в системе X за время ее жизни, причем в X есть нечто, ведущее себя как случайная величина.

Например, имеется генератор случайных символов из некоторого заданного алфавита C, печатающий символы с определенной частотой v (символ/ед.времени). Мощность вероятностых ресурсов генератора в данном случае -- это число возможных строк. Длина L строки есть произведение v * T, где T -- время работы генератора:
|П| = L|C| = v|C|  * T|C| .

Зачем это нужно? Это нужно, например, для оценки вероятности появления определенной строки s символов в результате работы генератора. Эта вероятность будет зависеть от того, насколько велика мощность вероятностных ресурсов: p(s,генератор) = f(|П|).

Collapse )
Продолжение здесь.

Порядок, хаос и функция



David L. Abel, The first gene, 2011, стр. 82.

Хаос, порядок, функция и их соотношение.

Collapse )
Суть всего представленного здесь хозяйства (для неспециалистов вроде меня) состоит в следующем. Функциональная информация отличается от информации Шеннона введением понятия смысла/функции сообщения в контексте системы, где это сообщение (инструкция) генерируется, передаётся, читается, интерпретируется и исполняется. Символ в такой-то позиции некоторой строки может нести от 0 до log2N функциальнальных бит информации, где N -- мощность алфавита (диапазон для белков: 0 .. 4.32 бит; для иРНК/ДНК: 0 .. 2.0 бит).

И ещё интересный и полезный момент: рассмотрение биологической реальности с позиций обработки информации разгоняет дымовую завесу, создаваемую безответственным фантазированием эволюционистов. Обработка информации всегда искусственна. Там, где обрабатывается информация, речь идет не только о физике и химии, но и о прагматике и смысле, по отношению к которым природа, лишенная целеполагания, безразлична. Функция, цель -- категории, в которых мыслит создатель системы, для чего, собственно, он её и создаёт. Появление таких сложнейших систем, как живые системы, невозможно по эволюционному механизму. Эволюционное объяснение просто смехотворно. Это так же смешно, как объяснять, что буквы, которые вы сейчас видите перед глазами, сложились в осмысленные слова и предложения под действием отбора и ошибок копирования. Увидеть это и позволяет соотнесение биологии с теорией и практикой обработки информации.

Для иллюстрации возьмём информационную РНК. Порядок нуклеотидов в ней не имеет физической обусловленности: избирательность в процессе полимеризации практически отсутствует, так как в водяном растворе любой из нуклеотидов может полимеризовать любой другой. Каждая последовательность нуклеотидов энергетически неотличима от любой другой. Конкретная последовательность нуклеотидов в иРНК обусловлена не градиентами вещества или энергии, но прагматическим смыслом в контексте всей персистентной самовоспроизводящейся системы: именно такая, а не иная последовательность необходима для синтеза функциональной первичной структуры того или иного белка.

Итак, сначала идея, смысл (семантика) и лишь затем реализация (синтаксис). Организация, понимаемая как взаимодействие компонентов неоднородной системы между собой, осуществляется концептуально только сверху вниз. Наоборот на практике не бывает никогда. Наоборот бывает только в сказках или в представлении сторонников эволюционной парадигмы. Но реальность -- это одно, а псевдонаучные фантазии - совершенно другое.

Что такое сложная биофункция

Белковая функция представляет собой способность белка вступать в то или иное взаимодействие, например, с ферментом (в частности, так называемые аллостерные реакции ингибирования или катализа с участием промежуточных комплексов, важные для регуляции процессов обменного цикла).

Функция обеспечивается пространственной формой макромолекулы белка (речь идет о структурах в нанометровом диапазоне). В свою очередь, пространственная форма зависит от так называемой первичной структуры белка. Представим, что мы вытягиваем молекулу белка в ниточку. Если вы когда-нибудь скручивали обычную швейную нить, то поймете, что происходит при укладке белка: после определенного момента с начала скручивания нить "выстреливает" в бок, приобретая сложную пространственную конфигурацию в результате накрутки участков нити друг на друга.

Collapse )