August 10th, 2020

  • mns2012

Комментарий gpuccio об отборе

Тут.

Natural Selection is indeed a very limited process that “recycles” in slightly different forms the Functional Information already existing in the reproducing organism.

Collapse )

Моих 5 копеек.

ЕО всегда действует в уже существующем функциональном контексте и вряд ли вообще сколько-нибудь заметным образом меняет количество функциональной информации в системе (локальные изменения плюс-минус несколько функциональных бит, что несущественно по ср. с тысячами или даже миллионами бит функции). Это просто шум.

Незначительное возрастание информации в системе вследствие случайностей, в принципе, возможно. Предположим, что некто, отправляя телеграмму, допускает случайную ошибку в тексте. Машинистка, набивая текст, тоже делает случайную ошибку в этом же месте и тем самым исправляет ошибку отправителя. Тем не менее, никогда никакие случайности и отборы, вместе взятые или по отдельности, не напишут осмысленный текст достаточной длины ) Для решения творческих задач требуется осмысленная деятельность лица, принимающего решения (см. напр. здесь). Такова жизнь.
  • mns2012

Что такое ID, согласно Майку Джину, автору 'The Design Matrix'

“What is Intelligent Design? If you ask a critic, he will probably tell you that ID is a disguised version of Creationism and nothing more than a Trojan Horse to get God taught in the public schools. If you ask a typical proponent of ID, he will probably tell you that ID is the best explanation for various biotic phenomena.

For me, ID begins exactly as William Dembski said it begins – with a question”:

Intelligent design begins with a seemingly innocuous question: Can objects, even if nothing is known about how they arose, exhibit features that reliably signal the action of an intelligent cause?

“The first thing to note about the question is that you don’t have to be a religious fundamentalist to ask it. You don’t have to be a religious fundamentalist to consider it. In fact, you don’t even have to be a religious fundamentalist to answer it.”
  • mns2012

The dependency graph of life (2)

Winston Ewert: Life should be classified not as a tree but as a dependency graph


Abstract: The hierarchical classification of life has been claimed as compelling evidence for universal common ancestry. However, research has uncovered much data which is not congruent with the hierarchical pattern. Nevertheless, biological data resembles a nested hierarchy sufficiently well to require an explanation. While many defenders of intelligent design dispute common descent, no alternative account of the approximate nested hierarchy pattern has been widely adopted. We present the dependency graph hypothesis as an alternative explanation, based on the technique used by software developers to reuse code among different software projects. This hypothesis postulates that different biological species share modules related by a dependency graph. We evaluate several predictions made by this model about both biological and synthetic data, finding them to be fulfilled. (open access) More.


Итак, гипотезе общего происхождения (common descent with modification), наиболее распространенной не только в эволюционистской литературе, но и в ID-шной, предложена альтернатива — общий дизайн (common design with module reuse). Интересно, что в статье численно оцениваются конкретные предсказания модели (например, существование большого числа модулей и кодирующих их генов, не укладывающихся в рамки индивидуальных таксономических единиц). Граф зависимостей (у отдельной вершины множество модулей-"родителей") лучше описывает структуру биоты, чем древо общего происхождения (где у каждой таксономической единицы один родитель).

ID — не пустышка, но генерирует нетривиальное проблемное поле, позволяя выдвигать конкретные тестируемые гипотезы.

Интересно, что модель Юэрта на много порядков лучше статистически в смысле отражения характера реальных данных (логарифм отношения байесовских коэффициентов для моделей более 10000 в пользу модели Юэрта).

Cornelius Hunt : статья Winston Ewert, The dependency graph of life фактически отбраковывает дарвиновскую модель common descent with modification. Действительно, ID-шная модель графа зависимостей компонентов (общая разработка) на много порядков лучше дарвиновской (общее происхождение от единого предка). Логарифм отношения байесовских коэффициентов для двух моделей составляет более 10000 не в пользу дарвиновской модели (и это в самом выгодном для неё случае из рассмотренных Юэртом).

О статье Юэрта я уже писал.
  • mns2012

Что такое код?

В который раз уже приходится об этом писать.

Видел такой шедевр: "атомы кодируют свойства молекул". Автор этой фразы не понимает, что такое код.

Кодом называется соглашение о том, как интерпретировать конфигурации материи. Между кодом и эффектом его трансляции нет и не может быть физико-химической обусловленности, иначе это никакой не код: в том, чтобы говорить, что свойства мыла обозначают мыльные пузыри или наоборот, никакого практического смысла нет. Напротив, утверждение, что иРНК задаёт свойства синтезируемого белка, является осмысленным. Именно в силу того, что система с кодом и трансляцией его допускает вариативность: различная последовательность символов, будучи оттранслирована по известным правилам, приведёт к различным результатам трансляции.

Код произволен относительно законов природы. Трансляция информации есть перевод с одного языка (конфигурации материи, выполняющие роль знаков) на другой (язык референтов). Перевод с языка на язык возможен только тогда, когда между знаками и референтами нет никакой физико-химической зависимости. Нельзя сказать, что водород или кислород обозначают воду (то есть, конечно, сказать можно, только это будет совершенно бессмысленно). Однако можно и нужно говорить о том, что соответствующая формула обозначает реакцию образования воды, именно потому что одну и ту же реакцию можно представить по-разному, например, как химическую формулу или описать её на русском или китайском языке:

  1. 2H2 + 02 → 2H20

  2. две молекулы водорода и молекула кислорода дают две молекулы воды

  3. 兩分子氫和氧分子產生兩分子水



Произвольность знаков и их интерпретаций относительно законов природы ни в коем случае не означает субъективности или относительности кода. Отношение "знак-референт" вполне однозначное, устойчивое , объективное и локальное для данной системы (не определено вне системы): последовательности знаков и в п.1, и в п.2 и в п.3 описывают один и тот же химический процесс, хотя сами последовательности совершенно произвольны относительно законов природы (иначе бы они и не могли ничего описывать).

Если такой вот "защитник" биологии от мракобесия скажет программисту, что java-код относителен, то реакция разработчика кода будет однозначной: программист, скажем так, сильно удивится. На этом разговор, вероятно, и закончится.

Именно в силу объективности кода его можно распознать и "вскрыть", чем и занимаются какие-нибудь египтологи, криптологи и специалисты по биоинформатике, секвенируя геномы живых существ.

И ещё один момент. Последовательность знаков может выполнять две задачи (не обязательно взаимоисключающие): описательную и предписательную (набор инструкций).
  • mns2012

ID: свойства Дизайнера

Комментатор на американском сайте uncommondescent.com высказал следующий тезис: "ID бессодержателен, поскольку сразу встают вопросы о свойствах Дизайнера, без ответа на которые продолжать разговор бессмысленно".

Вопрос о свойствах вполне имеет право на существование. Навскидку вот такие свойства Дизайнера гипотетически следуют только из анализа наблюдений (биосистемы, сложные артефактные системы обработки знаков, отсутствие наблюдений функциональной сложности, отсутствие обработки знаков в неживой природе). То есть мы никак не выходим за рамки научного исследования. Ещё раз подчёркиваю, что речь идёт об абдуктивном анализе.

Дизайнер биосистем обладает:

  1. сознанием;

  2. интеллектом, достаточным для того, чтобы разработать детальную организацию самовоспроизводящихся автономных неоднородных семантически замкнутых систем на основе углерода, да ещё на молекулярном уровне (в нанометровом диапазоне);

    • в качестве сравнения, человечество ещё не достигло объёма необходимых для этого знаний; человек на настоящий момент научился синтезировать минимально необходимую искусственную ДНК одноклеточных так, чтобы жизненный цикл их не нарушался, а также создавать макромолекулы с заданными свойствами (см. нанокары);


  3. способностью ставить цели и принимать решения по их достижению;

  4. достаточно мощными инженерными возможностями реализации разработанного дизайна.


Интеллектуальный уровень Дизайнера достаточен для установления самовоспроизводящихся семиотических отношений между конфигурациями материи, которые (отношения) не существовали до создания биосферы. Семиотическое ядро живых систем представляет собой неразложимую тройку {иРНК, генетический код, распределённый рибосомальный интерпретатор}.

Что касается ответа на вопрос: как создавались биосистемы? Ответ на удивление прост: путём формирования символьных граничных условий на движение материи. Это формирование предполагает организацию семантического замыкания, то есть особого физического состояния синтезируемой системы, включающего следующие взаимозависимые компоненты:

- интерпретатора;
- останавливающегося набора инструкций по воспроизведению организма;
- останавливающегося набора инструкций по воспроизведению интерпретатора.

Сюда также входит множество важных частностей, например: создание дублирующих друг друга модулей проверки целостности и репарации генетических инструкций, обеспечение консервативности данных функций (очищающего отбора). Только так можно разрешить знаменитый парадокс Айгена: длина кода репаратора днк превышает максимально возможную длину днк, способную устойчиво реплицироваться без катастрофического лавинообразного нарастания ошибок копирования.

Я думаю, что этого вполне достаточно для тех, кого реально интересует ответ на этот вопрос с научной точки зрения.
  • mns2012

Что ID выносит за скобки

Одним из возражений против гипотезы intelligent design, с которыми мне пришлось встретиться за последнее время (в который раз :) является то, что напрашивается вопрос: "А кто создал Дизайнера?"

В этом наивном вопросе ровно столько же смысла, сколько в вопросе пятилетнего ребёнка, рассматривающего картину: "А кто нарисовал художника?" При этом ребёнок отказывается поверить, что картина кем-то нарисована, если ему не покажут того, кто нарисовал художника.

Дизайнер биологической сложности, так же как и художник в отношении своих творений, совсем не обязан появиться точно таким же образом, как Его дизайн (строго говоря, Он вообще не обязан появляться, ведь чисто логически существует даже такая возможность, что Дизайнер был всегда). Я не понимаю, как взрослый образованный человек типа Р. Докинза может не стыдиться озвучивать это недоумение, которое является лишь маркером малой степени осведомлённости в данной проблеме.



И всё же, хотя мне сегодня был задан тот же самый вопрос, он прозвучал немного в ином ключе. Почему мы, ID-шники, оставляем за скобками (с) вопрос происхождения Дизайнера?

Именно потому, что ID — это наука (или технология, если угодно), а не религия.

Дело в том, что по самой сути научного анализа мы неизбежно что-нибудь да оставляем за скобками. И не просто "пока", но в принципе. Наука не предназначена для ответа на все вопросы. Именно в узкой специализации и в возможности абстрагирования от несущественных в том или ином случае факторов и заключена мощь науки.

Наука создана (кстати тоже разумно разумными людьми :) для описания уже существующего разумно созданного мира. Она по необходимости оставляет за скобками то, как этот мир произошёл. Все потуги "додумать за автора", а что было до того, остаются догадками просто потому, что у нас нет эмпирических средств их проверить, то есть вообще никаких. Могут сказать, что я искусственно сужаю рамки науки. Согласен. Для меня наука — это подручное средство, а не метод отыскания истины о мире. Аксиология — прерогатива религии. И совсем негоже, когда из науки делают некую эрзац-религию. Как наука может отыскать истину, если она даже не знает, что это такое?! Причём не просто не знает, а принципиально не имеет возможностей выразить понятие истинности.

Intelligent Design — это наука или, если угодно, практический метод, классификатор, ничего общего с религией не имеющий. Вот выводы из классификации биосистем как интеллектуально созданных — дело другое. ID лишь философски дружествен (совместим) с верой в Творца, как эволюционизм совместим с атеизом. Только и всего.
  • mns2012

В чем отличие между "сводится к" и "выражается через"

Тезис: мысль выражается физическими процессами, заключающимися в проявлениях четырёх (возможно, даже меньшего числа) базовых типов физических взаимодействий. Следовательно, мысль сводится к этим типам взаимодействий.

В данном тезисе мне представляются неверными связка "следовательно" и вывод. Между "проявляется" и "сводится" не всегда можно поставить знак равенства.

Collapse )
  • mns2012

GPuccio отвечает на два распространённых возражения

Возражение 1:

Искусственные объекты -- единственный пример объектов, об интеллектуальном происхождении которых дрстоверно известно. По единственному примеру экстраполировать рискованно.

Возражение 2:

Молекула воды тоже функциональна и тоже сложна, однако она образуется исключительнт засчет химии и физики.

Здесь.

Оба возражения наивны. GP мастерски отвечает. Остаётся лишь выяснить, действительно ли человеческие артефакты представляют собой единственный класс дизайн-положительных предметов (по количеству функциональной информации), заведомо интеллектуально созданных. А как же сложные звериные артефакты (типа танца пчелы или бобровой дамбы)? Они, хоть и не столь сложны, как самые сложные артефакты человека, но тоже дизайн-положительны наверняка. В общем, надо смотреть.
  • mns2012

Условия принятия гипотезы дизайна как основной

Предположим, что вы видите вот такую конфигурацию материи:



Предположим также, что вы не знаете ничего о том, как она появилась.

Исходя из доступного среднестатистическому взрослому человеку опыту, можно предположить также, что вам известно, что такие же конфигурации материи появляются как результат разумных действий строителей.

Вы делаете единственно возможный разумный вывод о том, что, вероятнее всего, и конструкция, изображенная на иллюстрации, появилась точно так же. Разумеется, мы говорим здесь о наиболее правдоподобных причинах появления аналогичных конфигураций материи (см. Абдукция). Никто не может исключать возможности неизвестного. Однако любой вменяемый человек, находясь в своём уме и твёрдой памяти, сделает именно такой вывод, какой сделаете и вы, исходя из тех же самых предпосылок.

Из этого простого соображения можно вынести два условия, при выполнении которых гипотеза дизайна не просто имеет право на существование, но и является основной рабочей гипотезой:

  1. достоверно известно, что подобные структуры могут возникать интеллектуально;

  2. не известно ни одного иного механизма появления подобных структур (без непосредственного участия агента, только за счёт сочетания начальных условий и действия естественных регулярностей и факторов стохастической природы; при этом мы не рассматриваем вопрос появления материи как таковой).

Это и есть суть того, что называется гипотезой intelligent design. Методология ID применяется в науке и технике (археология, криминалистика, защита информации, медицина), что ни у кого не вызывает никаких сомнений. И только там, где это касается происхождения биологических систем, в некоторых головах начинает закипать разум возмущённый.
  • mns2012

Гипотеза дизайна и порочный круг

Иногда утверждают, что гипотеза дизайна биосферы содержит в себе порочный круг. Этот аргумент мне встречался и ранее, но поскольку мне только что его предъявили снова, отвечу.

Вкратце приведу суть и того, и другого для того, чтобы читатель мог сравнить и сделать соответствующие выводы.

Collapse )
  • mns2012

Небольшая задача к проблеме кода

От отрицателей объективности кода хотелось бы услышать внятное подробное объяснение с использованием только законов физики (и химии) того, как, по их мнению, образовывается именно такое, а не иное разбиение пространства жёсткого диска персонального компьютера на логические средствами ОС Windows (скажем, 50% пространства выделяется под диск С, остальные 50% под диск D).

И сразу следующий вопрос. Каким образом, имея разбиение на диски C и D, как указано выше, только с позиций физики и химии становится возможным переформатировать жёсткий диск, выделив под диск С 60%, а под диск D 40% дискового пространства?

Каким образом получается, что одни и те же законы физики (и химии) при одних и тех же начальных условиях позволяют производить множество различных разбиений на логические диски одного и того же жёсткого диска, сделанного из одних и тех же материалов?
  • mns2012

Критики М. Бихи доходят до абсурда



— А я, брат, продолжаю не постигать.
Ф.М. Достоевский "Идиот"

michael-behe.jpg
профессор биохимии Майкл Бихи (Michael Behe)

Всем известен аргумент Майкла Бихи минимальной сложности. Он состоит в том, что:


  1. Живые организмы включают т. наз. подсистемы минимальной сложности (ПМС), которые невозможно упростить удалением хотя бы одного компонента без существенного изменения той функции, которую все их компоненты выполняют сообща;

  2. Образование ПМС по дарвиновскому механизму практически невозможно, поскольку требует возникновения и фиксации нескольких мутаций, настолько редких, что совместное (не одновременное, а именно совместное) их возникновение и фиксация — событие, статистически не значимое на интервале времени жизни всей биоты.



Collapse )

Но вот ещё что мало кто из критиков М. Бихи вообще учитывает.



Collapse )
  • mns2012

Вот незадача, или очередной конфуз дарвинизма

Сначала немного предыстории.

michael-behe.jpg
Биохимик Майкл Бихи (Lehigh University, USA)

Профессор биохимии М. Бихи знаменит своим вкладом в Intelligent Design прежде всего аргументом минимальной сложности (irreducible complexity). Этот аргумент был представлен в его книге "Darwin's Blackbox".

Очень кратко суть: эволюционное (градуалистское) появление функциональных систем минимальной конфигурации, где все компоненты являются ключевыми и сообща доставляют функцию f (убрали хотя бы один — функция f больше не реализуется), крайне затруднительно (если вообще возможно). Прекрасный пример опять-таки из книги М.Бихи: бактериальный жгутик как минимальная конфигурация, доставляющая мотильность одноклеточным (упрощен быть не может без потери клеткой подвижности). По виду этот самый жгутик поразительно напоминает обычный лодочный движок (по эффективности 90+ % КПД, сумасшедшие обороты плюс возможность реверса практически с полного хода).
Collapse )
  • mns2012

Интересная статья о минимальной сложности по Бихи

Этот разбор сравнительно недавней (2009) критики аргумента М. Бихи интересен тем, что содержит ссылки на историю вопроса, а также формальные требования к биологическим системам минимальной сложности.

Кстати, сам факт того, что полемика не прекращается вот уже 20 лет с лишним с тех пор, как была опубликована книга М.Бихи "Черный ящик Дарвина", — уже показатель важности аргументации М. Бихи.
  • mns2012

Бихи никогда такого не утверждал

См. интересное обсуждение практических возможностей белковой эволюции. По заявлению автора статьи и комментария, маститые профессора (типа Дж. Койна и Л. Морана) искажают аргументацию оппонентов.

У Майкла Бихи нигде не сказано о том, что N мутаций, необходимых для реализации такой-то биофункции, должны случиться одновременно! Однако, именно к этому, по мнению некоторых биологов, сводится его аргументация в пользу ID, изложенная в книге "The Edge of Evolution".

Для того, чтобы выпало 12 очков, совсем не обязательно бросать две кости одновременно. Важен лишь исход бросков. Бихи, разумеется, это понимает:

Collapse )
  • mns2012

Майк Бихи о письмах в редакцию журнала Nature

Бихи суммирует содержание письма биолога, скептически относящегося к СТЭ, в редакцию журнала Nature:

"We know that the fear of Intelligent Design makes a lot of people circle the wagons and pretend that Darwin's theory covers everything."

Бихи отмечает, что люди говорят об этом открыто.

Вот отсюда:



Тезисы новой книги Бихи "Darwin Devolves":

- дарвиновская эволюция (СТЭ) действительно наблюдается, НО (и это "НО" перечёркивает всё)
- она идёт по пути инволюции (поломки существующих генов) так, что в тех или иных условиях у популяций организмов появляется возможность выгадать селективное преимущество за счёт деградации функции.
- образование низших таксонов идёт, однако возможности вот такой деградационной адаптации исчерпываются на уровне биологического рода. Организмы получаются хрупкие и не способные к дальнейшей адаптации.
- новой сложной функции не образуется.

Бихи приводит пример. Предположим, у вас есть автомобиль и ваше выживание зависит от того, сколько вы выжмете литров на 100 км пробега. Вы начинаете уменьшать вес автомобиля: выкидывать двери, капот и пр. Однако понятно, что если пойдёт ливень, вы на такой машине далеко не уедете.

По оценкам Бихи, около трети современных биологов надоел дарвинизм. 30% обычных биологов (о столь широкой поддержке тезисов ID речь, конечно, не идёт). Но треть -- это серьёзная цифра.

Ну, и разумеется, вопрос: а откуда взялась эта изначальная функция? Вывод Бихи очевиден: только дизайн.

По мысли Бихи, большинство научников просто не может признать Бога. Именно это и не даёт им признать очевидное.

Мне остаётся лишь согласиться с Бихи. Только это обстоятельство вынуждает даже таких учёных, как Ф. Крик, прятаться от реальности по-детски под одеяло и выдумывать всякую "направленную панспермию". Но панспермия и зеленые человечки лишь переносят проблему на какую-нибудь Тау Кита, не решая её. Для того, чтобы решить, нужно обладать поистине независимым, сильным умом и открытостью.