• mns2012

Содержание


Основные понятия


  1. Введение: о чём этот блог

  2. Биосемиотика: Основные понятия

  3. Дизайн-распознавание (Intelligent Design, ID): Основные понятия

  4. Гипотеза дизайна и её возможная фальсификация

  5. Примеры семиотических и несемиотических систем

  6. Физический смысл формулы Хейзена для измерения количества функциональной информации

  7. Что такое сложная биофункция

  8. Примеры принципиально тестируемых предсказаний, сделанных на основе гипотезы дизайна биосферы

  9. Самое основное о статистической значимости

Биосемиотика


Гипотеза дизайна биосферы


Происхождение жизни


Проблемы биологической эволюции и её моделирования


Искусственный интеллект и искусственная жизнь


Дебаты знаменитостей, выступления


Философия проблем научного описания происхождения жизни и эволюции


Основы теории дизайна: конспект книги Del Ratzsch "Nature, Design and Science: The Status of Design in Natural Science"


Разное


При перепосте просьба ссылаться на этот блог.
  • mns2012

Время - враг, а не союзник для абиогенезников

Hundreds of millions of years of “deep time” is frequently cited as the saving feature for the profound improbability of each step of the Stairway [to Life]. Yet time is only an ally of a slow constructive process if degradation is ignored. As a useful analogy, imagine the very slow construction of a house. The earthmovers clear the site and dig a foundation. The masons arrive one thousand years later and find a dense forest with a slight depression in one area. Nevertheless, they do their best to lay the foundation. After another thousand years, the carpenters arrive and find a dense forest and sparse remnants of cement and cinder block. Undaunted they construct the wooden frame of a house. The roofers arrive a thousand years later to find a dense forest and almost no detectable remnant of any prior construction effort. Clearly, a house can never be constructed in such a manner.

For abiogenesis, the situation is far worse. Here, the process of ascending the twelve steps of Figure 6 is thought to have occurred over hundreds of millions of years. The sources of energy that are thought to be needed for construction of larger and more complex molecules (i.e., thermal, radiation, ultraviolet light, electricity, etc.) are all quite capable of breaking larger molecules into smaller molecules. The thermodynamic drive to increase entropy can only be overcome by the continuous infusion of energy combined with the proper “engine” to convert the energy into a building process rather than a destructive process.


—The Stairway to Life: An Origin-Of-Life Reality Check, Change Laura Tan and Rob Stadler, p. 82.


Collapse )

***
К этой цитате мне хотелось бы добавить, что даже при условии решения обозначенных выше проблем теоретиками абиогенеза гораздо более тяжёлой проблемой является возникновение транслятора генетической информации. Ведь жизнь должна как-то бороться с разрушением, а одним из мощнейших способов борьбы является размножение. Размножение немыслимо без передачи информации о построении дочернего организма трансляционной системе, которая должна понимать, какие инструкции она получает, и что не менее важно, описание самого это транслятора должно быть передано транслятору следующего поколения. Трансляция информации по самому своему смыслу предполагает ОДНОВРЕМЕННОЕ наличие КОДА и ИНТЕРПРЕТАТОРА и их СОГЛАСОВАННУЮ работу. И, наконец, обработка кода по самому смыслу того, что такое код, обязана быть комплиментарной (дополнительной) к действию законов движения вещества в системе, а не сводиться к этому движению. Для возникновения транслятора одних законов природы НЕДОСТАТОЧНО, но требуется также формирование особых символьных граничных условий. Для этого НЕОБХОДИОМО целеполагание и планирование, чего у природы быть НЕ МОЖЕТ. Для этого нужен РАЗУМ.

Далеко не все коллеги-натуралисты отдают себе в этом отчёт. К счастью, есть приятные исключения, например, биолог Евгений Кунин.
  • mns2012

Douglas Axe о популярном аргументе "плохого дизайна" против ID



Самый первый вопрос "экспертам" по качеству дизайна биосистем: а вы что-нибудь конкретное создали своими руками? Умников развелось. Каждый суслик - агроном.
  • mns2012

Открытость живых систем к возможным последующим модификациям, или оpen-endedness

Что это такое, как оно обеспечивается и зачем это нужно?

Открытость к модификациям - это свойство некоторой системы допускать структурные или иные изменения с целью адаптации к изменяющимся условиям окружения.

Допустим, производитель мобильных телефонов решает заложить в прошивку возможность поддержания 4G или более совершенной по техническим параметрам сети (скажем, 5G) до развертывания этого самого 5G. Это пример открытости к модификациям. Ещё аналогичный пример. Архитектура современных персональных компьютеров допускает подключение периферии через USB порты, при этом набор типов подключаемых устройств не лимитируется, регламентируется лишь тип соединения. Это также открытость к модификациям. Разумеется, эти и множество подобных примеров иллюстрируют инженерное предвидение разработчика и являются результатом целенаправленного принятия решений.

Итак, открытая система создается, если можно так выразиться, навырост. Важной особенностью подобных систем, как отмечается в литературе, является возможность (неограниченной) реализации новизны. Самый, наверное, сильный пример в этом отношении, - это языковые системы. Если язык является достаточно развитым (в математике есть понятие универсального языка вычислений, или Тьюринг-полного языка), на нем можно формулировать и компоновать новые утверждения, а при наличии письменности их можно записывать на носители.

В живых организмах мы всё это тоже наблюдаем. За счёт чего у живых организмов имеется возможность модернизации? В белковом синтезе открытость к модификации осуществлена за счёт отсутствия избирательности при полимеризации нуклеотидной цепи в водяном растворе. На более высоких уровнях организации живого, открытость, вероятно, тоже имеется (взаимозаменяемость тканей, например).

  • Ещё пример технологии навырост - белки прокариот, используемые эукариотами (я где-то видел ссылку на это, но подробностей уже не помню).

  • Особый пример - гипотеза универсального генома. Я не знаю, что с ней такое случилось, но на момент публикации её, автором были предложена конкретная исследовательская программа для подтверждения или отбраковки этой гипотезы.


Понятно, что модернизация, или генерация принципиальной функциональной новизны, во всех случаях, о которых известно современной науке (исключая жизнь), является коррелятом интеллекта: в данном случае не важно, кумулятивный ли это интеллект всего человечества, небольшой группы людей или интеллект индивидуального разработчика. Важен сам факт существования положительной корреляции между появлением в системе функциональной новизны и интеллектуальной активностью, связанной с модификацией системы. Поэтому всякий неангажированный исследователь должен спокойно отнестись к предположению, что и появление жизни, с научной точки зрения, также является коррелятом интеллекта.

Однако так уж исторически сложилось (с), что в ситуации с живыми системами открытость их к модификациям принято приписывать не разуму разработчика, а случаю, хотя никаких оснований этому нет. Даже напротив: наблюдения свидетельствуют об успешности разработки именно "сверху вниз" (то есть от идеи до имплементации, а не методом тыка "снизу вверх", авось сработает) и, соответственно, бесперспективности попыток разработки снизу вверх. Те, кто агитирует за "снизу вверх", не понимают всей тяжести проблемы, заключающейся не только в нехватке в природе вероятностных ресурсов для подобных экспериментов методом проб и ошибок, но по большей части в том, что даже организация метода проб и ошибок всё равно предполагает участие агента: кто-то ведь должен стремиться получить новую функцию, природе ведь абсолютно всё равно, работает что-то как единое сложное целое или нет.
  • mns2012

Granville Sowell: иллюстрация сложности проблемы происхождения жизни

Здесь.

По мнению Соуэлла, если процесс построения первого репликатора и не является расходящимся, то проблема происхождения жизни намного более сложна, чем обычно представляют в популярной литературе. Часто, например, приходится слышать: стоило только появиться хотя бы одному репликатору, всё остальное происходило само собой по типу автокатализа. В записке Соуэлл поясняет свою мысль на примере воспроизведения одного из простейших предметов обихода - картонной коробки. Для полного цикла воспроизводства коробки требуется очень многое: доставка материалов, инструментарий, утилизация отходов и так далее.

Убедительно. Но замечу, что Соуэлл рассматривает проблему происхождения жизни только с инженерной стороны. При этом он не упоминает САМУЮ сложную проблему: появление первого набора инструкций и процессора к ним, то есть проблему трансляции информации. Ведь кроме поддержания цикла воспроизводства и утилизации отходов, необходимо воспроизводство документации по развертыванию и поддержанию производственного цикла, что получило наименование смысловой замкнутости. Обеспечение смысловой замкнутости без целеполагания и планирования со стороны агента, принимающего решения, – реальный камень преткновения для современных абиогенезных гипотез. В этой области создалась патовая ситуация: абиогенез без целеполагания и планирования - сказка, но ведущие центры упираются и не хотят признавать очевидного требования существования агента, принимающего решения. Поэтому они будут продолжать клянчить деньги на свои фантазии и кормить грантодателей обещаниями прорыва, который "вот-вот должен произойти".
  • mns2012

Дж. Тур: Популярные лекции по абиогенезу



- что такое "пребиотический"
- физико-химические условия на первобытной Земле
- четыре типа органических соединений, входящих в состав живых организмов
- проблемы химического синтеза

Во вступительной части Дж.Тур ссылается на видео с критикой его публичных выступлений. Весь этот цикл по существу является ответом на критику.
  • mns2012

Дублирование генов - всё?

Здесь.

Abstract

Evolutionary constraints may significantly bias phenotypic change, while “breaking” from such constraints can lead to expanded ecological opportunity. Ray-finned fishes have broken functional constraints by developing two jaws (oral-pharyngeal), decoupling prey capture (oral jaw) from processing (pharyngeal jaw). It is hypothesized that the oral and pharyngeal jaws represent independent evolutionary modules and this facilitated diversification in feeding architectures. Here we test this hypothesis in African cichlids. Contrary to our expectation, we find integration between jaws at multiple evolutionary levels. Next, we document integration at the genetic level, and identify a candidate gene, smad7, within a pleiotropic locus for oral and pharyngeal jaw shape that exhibits correlated expression between the two tissues. Collectively, our data show that African cichlid evolutionary success has occurred within the context of a coupled jaw system, an attribute that may be driving adaptive evolution in this iconic group by facilitating rapid shifts between foraging habitats, providing an advantage in a stochastic environment such as the East African Rift-Valley.

Ну, конечно, contrary to our expectations. А как же ещё?
  • mns2012

Появление новой складки белка - это "почти чудо"

Stephen Meyer (The Return of the God Hypothesis):

Neo-Darwinists largely ignored the combinatorial search problem associated with novel protein folds. As evolutionary biologist H. Allen Orr admitted this problem was “almost entirely ignored for two decades” by molecular evolutionists. But protein scientists like the late Dan Tawfik (Weizmann Institute) called protein fold origination “close to a miracle.” He showed protein folds lose thermodynamic stability after a few mutations & long before they can evolve new folds.
  • mns2012

А я, брат, продолжаю не постигать,

А я, брат, продолжаю не постигать!
Генерал Епанчин. О.Басилашвили, кадр из фильма "Идиот" (реж. Владимир Бортко, 2003 г.).

... почему такие корифеи, как Ховард Патти, не могут разглядеть, что эволюция — это миф. Патти, как никто другой, наверное, вложил столько усилий в обоснование того, что знак комплиментарен движению вещества в системе. Эволюция, предполающая функциональное усложнение, — это не более, чем фантазия. Даже для одного обеспечения семантической замкнутости потребовалось согласовывать описание воспроизводимой системы и описание воспроизводителя! Что уж говорить о развитии такой системы без руководящей и направляющей роли разума разработчика. Ну, что поделать, как вбили в голову в юности весь этот бред, так даже весьма умная голова не в силах справиться с ним.

Посудите сами: нам предлагается всерьёз верить, что нечто чрезвычайно сложное концептуально, технологически и логистически развивается с нарастающей функциональной сложностью как если бы космический корабль усложнялся бы со стадии камушка и рогатки, и при этом бы возникали и параллельно самоусложнялись логистические цепочки, технологический цикл и вся сопровождающая документация.

Ладно бы если бы у нас перед носом не было примера того, как это происходит. Но перед всеми нами есть множество примеров разумной деятельности человека. Не получится делать вид, что интеллект разработчика в таких сложных артефактах, как биологические штуковины, ни при чём.