• mns2012

Содержание


Основные понятия


  1. Введение: о чём этот блог

  2. Биосемиотика: Основные понятия

  3. Дизайн-распознавание: Основные понятия

  4. Гипотеза дизайна и её возможная фальсификация

  5. Примеры семиотических и несемиотических систем

  6. Что такое сложная биофункция

  7. Примеры принципиально тестируемых предсказаний, сделанных на основе гипотезы дизайна биосферы

  8. Самое основное о статистической значимости

Биосемиотика

Collapse )

Гипотеза дизайна биосферы

Collapse )

Происхождение жизни

Collapse )

Проблемы эволюции и моделирования эволюции

Collapse )

Искусственный интеллект и искусственная жизнь

Collapse )

Дебаты знаменитостей, выступления

Collapse )

Философия проблем научного описания происхождения жизни и эволюции

Collapse )

Разное

Collapse )
При перепосте просьба ссылаться на этот блог.
  • mns2012

Цитата из "Начал" Исаака Ньютона



Хотя эти небесные тела и продолжают движение по своим орбитам в силу законов [sic] тяготения, формирование самих орбит не могло быть следствием указанных законов. Таким образом, прекрасная система, состоящая из солнца, планет и комет, могла появиться лишь по воле и силе разумного и могущественного существа [перевод мой — mns2012].

Это к тому, что некоторые утверждают, что творцы современной науки "чётко разделяли веру и науку". Нет, таким раздвоением ни Ньютон, ни Кеплер, ни кто-либо ещё из них не страдал.
  • mns2012

Генетический код оптимален по нескольким параметрам

An Ode to the Code: Evidence for Fine-Tuning in the Standard Codon Table

Jed C. Macosko* and Amanda M. Smelser

Abstract:

The Standard Codon Table (SCT) records the correlation observed in nature between the complete set of 64 trinucleotide codons and the 20 amino acids plus 3 nonsense (i.e. stop or termination) signals. This table was called a frozen accident by Francis Crick, yet current evidence points to optimization that minimizes harmful effects of mutations and mistranslations while maximizing the encoding of multiple messages into a single sequence. For example, a recent article with the running title “The best of all possible codes?” concluded that “evidence is clear” for the optimized nature of the SCT, and another study found that difficult-to-encode secondary signals are minimized in the SCT. Additionally, the initiating amino acid methionine has been found to minimize the nascent peptide chain’s barrier to exit the ribosome. Moreover, the symmetry in the SCT between 4- fold-synonymous and <4-fold synonymous codons has been explained in terms of minimizing mistranslation. In this paper, the hypothesis that the finely tuned optimization of the SCT originates in external intelligence is compared to the hypothesis that its fine tuning is due to the adaptive selection of earlier codes. It is concluded that, in the absence of metaphysical biases against this hypothesis, external intelligence better explains the origin of the SCT. Additionally, this hypothesis prompts lines of inquiry that, 50 years ago, would have accelerated the discovery of the now-known features of the SCT and that, today, can lead to new discoveries.

Минимизация влияния мутаций (борьба с шумом) + оптимум по плотности контента. Авторы указывают на то, что если бы 50 лет назад гипотезу о дизайне генетического кода и тех, кто её продвигал в науке, не гнобили представители всесильного эвоматериалистического истеблишмента, то то, что мы знаем сегодня, мы могли бы знать намного раньше. Эволюционизм -- реальный стопор научной мысли.
  • mns2012

Интересная книга по биоинформатике "Biological information: New Perspectives"

R. Marks II, Michael Behe, William Dembski, Bruce Gordon, Jon Sanford: Biological information: New Perspectives, World Scientific, Proceedings of a Symposium, 2011, Cornell University.

Статьи очень интересные. В основном, ID-шные. Большинство редакторов -- уже знакомые нам авторы.

Разделы:

  • Information Theory & Biology (Marks)

  • Biological Information and Genetic Theory (Sanford)

  • Theoretical Molecular Biology (Behe)

  • Biological Information and Self-Organizational Complexity Theory (Gordon)


Особенно интересные статьи:
  • mns2012

Лингвистика и биология

Вопрос: можно ли при фиксированном языке "пропутешествовать" от одного осмысленного текста А (более некоторой длины) до другого осмысленного текста Б по пространству возможных текстов посимвольными заменами причём так, чтобы каждый мутированный текст тоже был осмыслен?

Мне кажется, что ответ на этот вопрос, по большому счёту, отрицателен и, в принципе, не сильно зависит от конкретного языка, однако зависимость всё-таки есть. В английском языке, например, средняя длина слова меньше, чем в русском. И проблемы для путешественника по пространству английских текстов с увеличением длины текста возникают раньше, чем с использованием русского языка. Однако по превышении определённой длины L текста проблемы с "недостающими звеньями" будут наблюдаться в каждом языке. Понятно также, что L = L(λ), где λ -- заданный язык. У Чейтина я встречал обсуждение того, что сравнительно небольшое изменение генотипа может приводить к большим изменениям фенотипа. В нашем случае фенотип -- это смысл текста. Да, я с этим согласен. Однако наш вопрос несколько иной: существует ли дарвиновский путь в пространстве состояний (текстов) между двумя заданными состояниями (текстами) при фиксированном операторе перехода между состояниями. Чем дальше остоят заданные тексты друг от друга, тем меньше вероятность существования дарвиновского пути между ними.

Дарвинисты любят фантазировать. Я даже примерно представляю себе, что они тут могли бы сказать: что, мол, начиналось всё с текста небольшой длины и с течением времени всё усложнялось. Но одно из принципиальных отличий ситуации с биологическими текcтами от естественной человеческой речи состоит в том, что мы вынуждены говорить об ограничениях снизу на минимальную длину текста. Дело в том, что биологических текстов длиной, меньше минимально допустимой, просто не может быть. Ведь для того, чтобы "биология" заработала, нужно обеспечить не только осмысленность текста, но также его смысловую замкнутость и воспроизводимость. И вот как раз здесь существуют сильные практические ограничения.
  • mns2012

Всё-таки обсуждение проблемы -- вещь полезная

иногда )

В ленте под одной записью я увидел обсуждение вопросов, связанных с понятием информации в контексте происхождения жизни.

Вот что составляет трудный для осознания многими комментаторами момент: информации нет там, где нет трансляции.

Вот, скажем, камушек о камушек ударяется в космосе, есть в этом случае информация или нет? Некоторые комментаторы говорят, что да, есть. Разумеется, можно сказать, что эти камушки между собой обмениваются информацией. Можно вообще сказать всё, что угодно, "тырнет" всё стерпит. Но практической пользы в этом словоблудии словоупотреблении не будет ни для кого. Понятие информации становится полезным тогда, когда имеется феномен трансляции, или попросту обработки. Этот феномен заключается в следующем:
Collapse )
  • mns2012

Вложенные иерархии и дарвинизм

Когда дарвинисты типа Деннета



рисуют что-то вроде древа жизни, они либо не подозревают о несоответствии самого понятия вложенной иерархии посылкам дарвинизма о происхождении всех организмов от общего предка, либо делают вид, что этого несоответствия не существует.

Дарвинистов, указывающих на гомологию геномов современных позвоночных и беспозвоночных и выводящих оттуда предположение о существовании у этих групп организмов общего предка, следует спросить: а как же, по-вашему, он выглядел?

Collapse )